Опростено генетично изследване за всички типове EB

Изследователите са пътували до различни страни от Югоизточна Азия, за да работят с местни лекари по диагностицирането и управлението на пациенти с ЕБ. Те използват по-нова технология за секвениране с дълго четене, за да открият генетични промени, които са пропуснати от по-старата технология за секвениране с кратко четене.

Водещ изследовател: Д-р Тан е обучен като молекулярен генетик, с магистърска степен от Университета на Уисконсин – Мадисън и докторска степен от Института по молекулярна и клетъчна биология.

Съизследовател: Д-р Кох е педиатричен дерматолог със специален интерес към генетичните кожни заболявания, включително ЕБ. Той помогна за създаването на DEBRA Singapore и често си сътрудничи с други педиатрични дерматолози от целия регион за лечение на пациенти с ЕБ.

„Въпреки че някои случаи могат да бъдат диагностицирани клинично, припокриващите се и свързани с възрастта презентации правят предизвикателство да се постави точна диагноза на конкретния тип. Получаването на генетична диагноза при ЕБ ще даде възможност за точна диагноза на специфичния подтип, което е важно за дългосрочната прогноза и подходящото управление на симптомите.… Идентифицирането на генетична мутация е важно също за пренатално изследване при тежки случаи и фамилно изследване на биологични роднини и ръководи решенията за семейно планиране.

– д-р Тан

Заглавие на безвъзмездната помощ: Подобряване на генетичната диагностика на булозна епидермолиза чрез дълго прочетено секвениране.

Булозна епидермолиза (ЕБ) е рядко състояние, характеризиращо се с крехкост на кожата, което води до мехури и ерозии при лека травма. При някои типове ЕБ белези могат да възникнат вторично след мехурите и ерозиите. Освен кожата, ЕБ може да засегне и лигавични повърхности, облицовани с епител, като устата, хранопровода, стомашно-чревния тракт, пикочните пътища и очите. Може да възникнат белези в тези тъкани, което да доведе до допълнителни усложнения като стриктури. EB може също да доведе до други усложнения като анемия, слаб растеж и ортопедични проблеми, както и повишен риск от някои видове рак на кожата, като плоскоклетъчен карцином. И четирите основни вида ЕБ (ЕБ симплекс, свързващ ЕБ, дистрофичен ЕБ и синдром на Киндлер) се причиняват от генетични аномалии.

Тъй като ЕБ е клинично хетерогенен със спектър от тежест и припокриващи се прояви, може да бъде трудно да се разграничат основните типове, както и повече от 30 клинични подтипа, особено през ранните години от живота. Трябва да се направи молекулярно потвърждение за окончателна диагноза, за да се помогне при прогнозирането на дългосрочния резултат и да се насочи подходящо лечение. Процентът на успеваемост при получаване на положителен резултат чрез генетично изследване варира от 50–90% за настоящите методи на едногенно секвениране на Sanger или многогенно кратко четене. Секвенирането с дълго четене не е използвано широко за изследване на множество EB гени. Технологията за дълго четене на Nanopore може да секвенира дълги фрагменти от ДНК, за да позволи по-пълно секвениране на целия ген, което може да доведе до по-добър добив при разкриване на основните генетични мутации, осигурявайки по-точна диагноза.

Клиничните характеристики на различните видове ЕБ могат да се припокриват и често да представляват диагностична дилема в ранния живот. Ранното и точно генетично изследване може да доведе до бърза диагностика на подтипа на EB, осигурявайки по-добра прогноза и подобрено управление, както и за предвиждане и наблюдение за усложнения.

Понастоящем генетичното тестване е чрез едновременно секвениране на множество гени или екзома (съдържащи гени региони на генома), които обикновено секвенират къси фрагменти. Секвенирането на нанопори на по-дълги фрагменти (включително некодиращи региони) може потенциално да доведе до по-висок диагностичен добив и да разкрие повече генетични варианти. Получаването на положителен генетичен резултат е важно за пациентите. При тежки педиатрични случаи е важно да има затваряне за родителите и помощ при бъдеща бременност. Идентифицирането на генетичния вариант в пробанд също позволява оценка на риска за разширеното семейство. Информацията за генетичния дефект може също да се използва за тестване на носител за рецесивни форми на EB, където двата дефектни алела са наследени от двамата родители, всеки от които носи дефектно копие. Генетичното изследване може също да се извърши за идентифициране на спонтанни мутации за доминиращи форми на ЕБ за пренатално или преди имплантационно изследване.

За да разберем по-добре клиничния ход на заболяването, лежащ в основата на симптомите на ЕБ, ще имаме нужда от повече генетични варианти, които да бъдат идентифицирани при множество пациенти, за да свържем по-добре генетичните данни с проявите на заболяването. Разкриването на повече генетични варианти също би довело до по-добро разбиране на молекулярните процеси по време на патогенезата на заболяването, което може да доведе до разработването на нови фармакологични агенти и други лечения.

Аз съм генетик с интерес към разкриването на основата на болестите с генетична причина. Моят съ-изследовател е дерматолог със специален интерес към ЕБ. Той е бил активен в местната EB общност, а също и в региона, пътувайки до други страни от Югоизточна Азия, за да работи с местните лекари по диагностиката и управлението на пациенти с EB. Използвахме генетично секвениране, за да идентифицираме молекулярните аномалии на генетични заболявания. Секвенирането от следващо поколение, използващо технологията за кратко четене (като платформите Illumina и Ion), вече е добре установено и се е превърнало в стандарт за лечение в клиничната практика, но има ограничения в обхвата на генетичните аномалии, които може да идентифицира. Ние работим върху по-новата технология за секвениране на дълго четене, за да се надяваме да разкрием генетични аномалии, които са пропуснати от секвенирането на късо четене, което включва по-големи делеции, вмъквания и дублирания.